A FPI/SE possui 12 equipes temáticas em campo, compostas por fiscais, servidores e colaboradores dos órgãos parceiros:
Abate – Fiscaliza a regularidade dos matadouros, laticínios e mercados municipais.
Agrotóxicos – Fiscaliza revendas e empreendimentos para verificar a regularidade dos agrotóxicos disponibilizados.
Aquática – Realiza fiscalização de atividades desenvolvidas no Rio São Francisco, como a pesca, a regularidade de embarcações, de construções entre outros edesenvolve atividades de educação ambiental com ribeirinhos e colônias de pescadores.
Aquicultura I e II – Fiscalizam criação de peixes, camarões e de outros animais aquáticos de consumo humano.
Espeleologia, Arqueologia e Paleontologia – Fazem a prospecção de cavernas e buscam identificar áreas com a presença de materiais de interesse arqueológico e paleontológico, indicando as medidas necessárias para a proteção desses sítios.
Fauna – Resgata animais silvestres em cativeiro ilegal, oferece tratamento e os devolve à natureza ou encaminha para processo de readaptação.
Flora – Fiscaliza desmatamento, retirada e transporte ilegal de madeira, áreas de preservação permanente e a regularidade do Cadastro Ambiental Rural – CAR.
Gestão e Educação Ambiental I e II – Duas equipes visitam gestores e profissionais da área ambiental dos municípios para dar orientação sobre estruturação ambiental dos municípios.
Mineração – Visita pontos de extração de minério para verificar a regularidade dos empreendimentos e levantar passivos ambientais.
Patrimônio Cultural e Comunidades Tradicionais – Visitam as comunidades tradicionais da Bacia, como índios, quilombolas e ribeirinhos, levantando as demandas desses grupos, identifica e verifica a integridade do patrimônio cultural material e imaterial nos municípios fiscalizados.
Saneamento – Fiscaliza a prestação dos serviços de água, esgoto e resíduos sólidos dos municípios.